1999年11月27日，中國科學院神經科學研究所成立，蒲慕明任所長
2000年9月1日，中國科學院神經科學研究所獨立承擔科技部973項目《腦發育和可塑性的基礎研究》
2003年11月29日，中國科學院神經科學研究所第一次研究組國際評估
2005年11月20日，蒲慕明獲得中華人民共和國國際科學技術合作獎
2007年8月7日，神經科學國家重點實驗室批準籌建
2009年3月7日，獲得中國科學院穩定支持試點
2009年6月1日，中國科學院神經科學研究所成立非人靈長類平臺
2011年1月1日，牽頭承擔科技部973計劃重大科學問題導向項目《人類智力的神經基礎》
2011年7月19日，神經科學國家重點實驗室首次參加評估，評估結果為優秀
2012年1月12日，《神經發育與可塑性研究》獲得2011年中國科學院杰出科技成就獎（集體）
2013年7月10日，部分實驗室搬遷至新建成的生命科學實驗樓
2014年1月21日，中國科學院腦科學卓越創新中心成立
2014年8月21日，中國科學院靈長類神經生物學重點實驗室批準建設
2015年6月5日，融合智能技術領域，更名為中國科學院腦科學與智能技術卓越創新中心
2017年6月29日，神經科學國家重點實驗室參加評估，評估結果為優秀
2017年11月27日，世界首例體細胞克隆猴“中中”誕生
2018年2月25日，國際靈長類腦研究中心成立
2018年7月18日，G60腦智科創基地成立
2019年7月9日，舉辦第一屆國際靈長類神經生物學暑期學校
2019年11月18日-19日，舉辦介觀腦聯接圖譜國際研討會
